In mammacarcinoomcellen worden vaakt epigenetische veranderingen in de methylering van het genoom waargenomen. Deze ‘veranderingen in het kankermethyloom’ bieden nieuwe opties voor risicostratificatie van tumoren, schrijven Australische onderzoekers vandaag in Nature Communications.¹ Prof. Susan Clark (Garvan Institute of Medical Research, Sydney) en collega’s hebben whole-genome methylerings-sequencing uitgevoerd in DNA uit tumorweefsel van patiënten met triple-negative mammacarcinoom en normaal weefsel van dezelfde patiënten. De onderzoekers zagen differentially methylated regions (DMRs), vooral in promoters die geassocieerd zijn met transcriptiefactor-bindingsplaatsen en DNA hypersensitive sites.



Clark en collega’s konden de TNBCs stratificeren in drie afzonderlijke methyleringsclusters die geassocieerd waren met betere of slechtere prognose. Ze identificeerden zeventien DMRs die sterk geassocieerd zijn met overall survival, waaronder DMRs in het Wilms tumour 1 (WT1) gen. De onderzoekers laten zien dat gecoördineerde hypermethylering voor kan komen in ER-negatieve ziekte. Ze concluderen dat het mogelijk is het kankermethyloom-profielen te maken om zo regulerende regio’s te identificeren die met kanker geassocieerd zijn.

1.Stirzaker C, Zotenko E, Song JZ et al. Methylome sequencing in triple-negative breast cancer reveals distinct methylation clusters with prognostic value. Nature Communications 2015;6:5899