Mutaties in het APC-gen zijn gevonden in vroege kankerachtige lesies, adenoma’s en aberrant crypt foci. Van deze mutaties wordt verondersteld dat ze een initiërende rol spelen bij de ontwikkeling van traditionele typen colonkanker via de adenoma-carcinoma sequentie. Detectie van lage niveaus van onbekende mutaties is een aanzienlijke uitdaging, schrijven de Duitse onderzoekers. Verschillende typen mutaties (inserties, deleties en basensubstituties) kunnen voorkomen in één en dezelfde mutational hotspot. Om dit probleem aan te pakken hebben ze een tweestaps methode ontwikkeld, bestaande uit wild-type blocking (WTB)-PCR met locked nucleic acid (LNA)-blocker molecules, gevolgd door verdere verrijking en detectie van mutaties door high-resolution metling (HRM) analyse.
In het artikel in Cancer Prevention vergelijken ze deze WTB-HRM methode met direct sequencing bij het opsporen van APC-mutaties waarvan het type en de positie in de grote mutatiecluster-regio niet voorspelbaar zijn.
De onderzoekers bestudeerden de uitkomsten van beide methoden in weefselmonsters van patiënten met colorectaalkaner (n=17), adenomen (n=50), geserreerde lesies (n=8) en normale mucosa (n=5). Ze concluderen dat met WTB-HRM alle typen APC-mutaties in de MCR onderscheiden kunnen worden van wild-type DNA. Bovendien kunnen ze met WTB-HRM, in vergelijking met direct sequencing bijna tweemaal zoveel APC-mutaties in carcinomen en 1,5 maal zoveel APC-mutaties in voorloper-lesies identificeren. In 31 DNA-specimens uit de ontlasting vinden ze op één na alle APC-mutaties terug. In 20 monsters detecteerden ze met WTB-HRM ook KRAS-mutaties. De onderzoekers concluderen dat WTB-HRM een nieuwe niet-invasieve methode is voor ultrasensitieve detectie van kanker-initiërende mutaties.
Referentie
1. Gerecke C, Mascher C, Gottschalk U et al. Ultrasensitive detection of unknown colon cancer-initiating mutations using the example of the Adenomatous Polyposis Coli gene. Cancer Prev 2013;6:898-907