Er is een aanzienlijke diversiteit in klinische uitkomsten van Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (HNSCC). De onderzoeksgroep van prof. Trey Ideker (University of California in San Diego) publiceert vandaag online in Nature Genetics een analyse van moleculaire en klinische kenmerken van HNSCC die van invloed zijn op de overleving van de patiënten.¹ De onderzoekers laten zien dat TP53-mutatie frequent samen voorkomt met verlies van chromosoom 3p, en dat de combinatie van deze gebeurtenissen geassocieerd is met een ‘surprising decrease in survival time’, van 1,9 jaar versus meer dan 5 jaar voor de TP53-mutatie alleen.

De onderzoekers hebben gebruik gemaakt van gegevens van The Cancer Genome Atlas voor 378 HNSCC-gevallen. Ze analyseerden somatische mutaties, chromosomale aberaties, mRNA-expressie, microRNA-expressie en klinische variabelen, resulterend in bepalingen van meer dan 34.000 moleculaire of klinische waarden voor elke patiënt. De TP53-3p interactie is specifiek voor chromosoom 3p. Ideker en collega’s hebben ook onderzocht of de TP53-3p interactie specifiek is voor alleen HNSCC. Ze hebben een pan-cancer analysis uitgevoerd gebaseerd op alle openbaar beschikbare moleculaire data in de atlas exclusief HNSCC, voor weefsels van 4.404 patiënten met tezamen 17 kankertypen. Hoewel deze weefsels moleculair heterogeen waren vonden de onderzoekers desondanks overtuigende aanwijzingen voor zowel de co-occurence als de impact op overleving van TP53-mutatie en 3p-deletie.

In HPV-positieve HNSCC-tumoren, waarin HPV leidt tot inactivering van TP53, is 3p-deletie eveneens geassocieerd met slechtere uitkomst. De TP53-3p gebeurtenis wordt gemodificeerd door expressie van mir-548k, die de overleving verder verslechtert, en is wederkerig exclusief met mutaties die de RAS-signalering beïnvloeden.

1. Gross AM, Orosco RK, Shen JP et al. Multi-tiered genomic analysis of head and neck cancer ties TP53 mutation to 3p loss. Nature Genetics 2014;epub ahead of print.