Whole-exome sequencing (WES) kan in potentie leiden tot het ophelderen van tumor- en kiemlijnmutaties met klinische relevantie. Dr. Williams Parsons (Baylor College of Medicine, Houston) en collega’s hebben een studie uitgevoerd van de diagnostische opbrengst van gecombineeerde tumor- en kiemlijn-WES in kinderen met solide tumoren. De uitkomsten van de studie zijn online gepubliceerd in JAMA Oncology.¹

Deelnemers aan de studie waren kinderen in wie tussen augustus 2012 en juli 2014 bij Baylor een nieuwe tumor werd gediagnostiseerd. De WES van bloed- en tumormonsters werd uitgevoerd in een gespecialiseerd laboratorium. Van 121 van de eerste 150 deelnemers (80 jongens en 70 meisjes, gemiddelde leeftijd 7,4 jaar) waren voor WES adequate tumormonsters beschikbaar. Somatische mutaties met bewezen klinische bruikbaarheid werden gezien in vier van 121 patiënten (3%), en mutaties met potentiële klinische bruikbaarheid in 29 additionele patiënten (24%). Het meest-frequent gemuteerde gen was CTNNB1; daarnaast werden mutaties in KIT, TSC2 en MAPK-route genen gezien (BRAF, KRAS, en NRAS). In 24 additionele tumoren (20%) werden mutaties in consensus kankergenen gezien. Minder dan de helft van de geïdentificeerde mutaties werden gezien in genen waarvan bekend was dat ze regelmatig gemuteerd waren in het betreffende tumortype.

Diagnostische kiemlijnmutaties gerelateerd aan het fenotype werden gezien in 15 van 150 patiënten, waarvan 13 (waarschijnlijk) pathogene dominante mutaties in kankergevoeligheidsgenen, waaronder twee TP53, twee VHL, en twee BRCA1. De twee overige betroffen een mutatie in TJP2 in een patiënten met hepatocellulair carcinoom en een mutatie in CLCN5 in een patiënt met een nierdiagnose.

De onderzoekers concluderen dat tumor- en kiemlijn-WES in kinderen resulteerde in detectie van mutaties in een breed spectrum van genen die geïmpliceerd zijn in maligne aandoeningen bij zowel kinderen als volwassenen. Gecombineerde tumor- en germline-WES identificeerde potentieel actionabele mutaties in bijna 40% van nieuw-gediagnostiseerde pediatrische patiënten met solide tumoren.

1.Parsons DW, Roy A, Yang Y et al. Diagnostic yield of clinical tumor and germline whole-exome sequencing for children with solid tumors. JAMA Oncol 2016; epub ahead of print