Er is
behoefte aan gevoelige testen voor de opsporing van colonkanker in een vroeg
stadium, zo schrijven de Duitse onderzoeker Christian Gerecke (universiteit van
Potsdam) en zijn collega’s in Cancer
Prevention.1 Commercieel beschikbare kits voor de analyse van KRAS- en BRAF mutaties hebben een gemiddelde detectielimiet van 1% gemuteerd
DNA in mengsels met wild-type DNA. Dit is gevoelig genoeg voor prognostische
doeleinden, maar niet voor vroege kankerscreening, waarbij de verhouding tussen
gemuteerd DNA en totaal DNA in de feces waarschijnlijk in de range ligt van
1:10.000 tot 1:100.000.
Mutaties in
het APC-gen zijn gevonden in vroege
kankerachtige lesies, adenoma’s en aberrant crypt foci. Van deze mutaties wordt
verondersteld dat ze een initiërende rol spelen bij de ontwikkeling van
traditionele typen colonkanker via de adenoma-carcinoma sequentie. Detectie van
lage niveaus van onbekende mutaties is een aanzienlijke uitdaging, schrijven de
Duitse onderzoekers. Verschillende typen mutaties (inserties, deleties en
basensubstituties) kunnen voorkomen in één en dezelfde mutational hotspot. Om dit probleem aan te pakken hebben ze een
tweestaps methode ontwikkeld, bestaande uit wild-type
blocking (WTB)-PCR met locked nucleic
acid (LNA)-blocker molecules, gevolgd door verdere verrijking en detectie
van mutaties door high-resolution metling
(HRM) analyse.
In het
artikel in Cancer Prevention
vergelijken ze deze WTB-HRM methode met direct
sequencing bij het opsporen van APC-mutaties
waarvan het type en de positie in de grote mutatiecluster-regio niet
voorspelbaar zijn.
De
onderzoekers bestudeerden de uitkomsten van
beide methoden in weefselmonsters van patiënten met colorectaalkaner
(n=17), adenomen (n=50), geserreerde lesies (n=8) en normale mucosa (n=5). Ze concluderen dat met WTB-HRM alle typen APC-mutaties in de MCR onderscheiden
kunnen worden van wild-type DNA. Bovendien kunnen ze met WTB-HRM, in
vergelijking met direct sequencing bijna tweemaal zoveel APC-mutaties in carcinomen en 1,5 maal zoveel APC-mutaties in voorloper-lesies identificeren. In 31 DNA-specimens
uit de ontlasting vinden ze op één na alle APC-mutaties
terug. In 20 monsters detecteerden ze met WTB-HRM ook KRAS-mutaties. De
onderzoekers concluderen dat WTB-HRM een nieuwe niet-invasieve methode is voor
ultrasensitieve detectie van kanker-initiërende mutaties.
Referentie 1. Gerecke C, Mascher C, Gottschalk U et al.
Ultrasensitive detection of unknown colon cancer-initiating mutations using the
example of the Adenomatous Polyposis Coli gene. Cancer Prev 2013;6:898-907
Commentaren
Reageren op dit artikel is mogelijk na registratie. (Login)